MINERÍA la mejor puerta de acceso al sector minero MINERÍA / SEPTIEMBRE 2023 / EDICIÓN 552 100 Figura 2. Asociación entre la diversidad beta, UniFrac Ponderado, y las cuatro categorías de estudio. Representación mediante un análisis de componentes principales coordinadas (PCoA) de los resultados obtenidos para la secuenciación del gen 16S. Figure 2. Association between beta diversity, UniFrac Weighted, and the four categories under study. Representation by coordinated principal component analysis (PCoA) of the results obtained for 16S gene sequencing. Desarrollo y colección de datos Se procedió a la toma de muestras tanto de agua como de suelo contaminados y no contaminados. Se consideró la categoría “no contaminado” a zonas no afectadas por la actividad minera, pero ubicadas dentro del recinto de la mina, mientras que las muestras catalogadas como “contaminadas” pertenecían a lugares afectados directamente por la actividad minera. Se tomaron muestras para las aguas contaminadas (AC) de dos lugares diferentes por duplicado, para las aguas no contaminadas (ANC) se tomó muestras de un único sitio por triplicado. Para el suelo contaminado (SC) se tomó una muestra de tres sitios diferentes del tajo, mientras que para las muestras de suelo no contaminado (SNC) se muestreó una misma zona, por triplicado. Así las cosas, se obtuvo un total de trece muestras a procesar. El volumen de muestra fue de 50 ml para suelos y 250 ml para aguas. En la Tabla 1, se recopila la relación de las muestras colectadas, así como las coordenadas del lugar de recogida tanto en las coordenadas originales (UTM) como en las coordenadas en Grados (DMS). La Figura 1 ilustra los sitios de muestreo y sus características. La extracción de ADN se llevó a cabo mediante kits específicos para muestras ambientales, usando los kits de Qiagen DNeasy PowerSoil y DNeasy PowerMax Soil, siguiendo los protocolos marcados por el fabricante en los respectivos manuales. Los kits de Qiagen para muestras ambientales incluyen el Inhibitor Removal Technology, capaz de eliminar diferentes tipos de ácidos, compuestos polifenólicos, metales pesados y otros elementos que pudieran estar presentes en las muestras. Los estudios de metagenómica bacteriana se realizan analizando las regiones hipervariables del gen de ARN ribosómico 16S procariótico (16S rRNA gene). Las regiones que mejor discriminan la microbiota, en general, son la región hipervariable 3 (V3) y la región hipervariable 4 (V4) (Wang & Qian, 2009). Para este proyecto, se usó la región que comprende desde el comienzo de la V3 hasta el final de la V4, amplicón conocido como V3V4. Para llevar a cabo la construcción de las librerías para ambas regiones, se procedió de acuerdo con los protocolos estándar de Illumina y de los kits de librerías. El proceso de secuenciación se llevó a cabo en dos fases, seguidas de un control de calidad. La primera fase es la secuenciación en Illumina Miseq 2x300, donde las librerías se cargaron en cartuchos (flow cells), con el fin de obtener un resultado promedio entre 100,000 a 150,000 lecturas por muestra y amplicón, verificándose que el promedio de lecturas por muestra en este proyecto fue de 102,235, a modo de control de calidad del proceso. Finalmente, más del 90% de las bases y lecturas superaron con creces el umbral de 20 de puntuación en la escala Phred, siendo la calidad media cercana a 30 en este proyecto. Posteriormente, los datos pasaron two different sites in duplicate, and for uncontaminated water (ANC), samples were taken from a single site in triplicate. For the contaminated soil (SC), three different pit sites were sampled, while for the uncontaminated soil (SNC) samples, the same area was sampled in triplicate. Thus, a total of 13 samples were obtained for processing. The sample volume was 50 ml for soils and 250 ml for water. Table 1 shows the list of samples collected, as well as the coordinates of the collection site both in the original coordinates (UTM) and in the coordinates in Degrees (DMS). Figure 1 illustrates the sampling sites and their characteristics. DNA extraction was carried out by means of specific kits for environmental samples, using the Qiagen DNeasy PowerSoil and DNeasy PowerMax Soil kits, following the protocols established by the manufacturer in the respective manuals. Qiagen's kits for environmental samples include the Inhibitor Removal Technology, capable of removing different types of acids, polyphenolic compounds, heavy metals and other types of elements that may be present in the samples. Bacterial metagenomic studies are performed by analyzing the hypervariable regions of the prokaryotic 16S rRNA gene. The regions that best discriminate the microbiota, in general, are hypervariable region 3 (V3) and hypervariable region 4 (V4)(Wang & Qian, 2009). For this project, the region from the beginning of V3 to the end of V4, the amplicon known as V3-V4, was used. To carry out the construction of libraries for both regions, we proceeded according to the standard Illumina protocols and library kits. The sequencing
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